SteamVRのConfigファイルに設定をいれることで、
Tundraトラッカー充電時にSteamVRが自動起動するのを抑止することが可能です。

C:\Program Files (x86)\Steam\config\steamvr.vrsettings に下記の記述を追加します。

   "power" : {
      "autoLaunchSteamVROnButtonPress" : false
   },

挿入する位置には注意が必要です。
何も考えないのであれば一番最後のブロックの直上に入れるのが良いでしょう。

これは一番最後のブロックの } のあとには , を付けないなどの記述上の決まりがあるためです。
設定をしたのにうまく動かなかったパターンの大半はこれが原因だと思います。